la leyenda de la llorona anima

El film inicia con los hermanos Beto y Kika, pidiendo su calaverita. La pequeña, siendo más audaz, aproxima a una choza a pedir golosinas. En ese momento Beto es acechado por un extraño Ser. Sospechando de quien se trata, intenta alejar al espectro de su hermana. Sale corriendo y al llegar a la orilla de un rio ordena a su hermana no acercarse, acto seguido es raptado frente a los asombrados ojos de ésta mientras se escucha el desgarrador grito de "¡Ay mis hijos!"
Leo San Juan, Don Andrés, el Alebrije y las calaveritas de azúcar Finado y Moribunda; viajan a su siguiente misión en el globo aerostático que le heredara el difunto Padre Godofredo. Apenas reconocen el destino, Leo lee la carta donde está la petición de ayuda para detener a la terrible Llorona. Recordando que su amiga de la aventura anterior podía ser de mucha ayuda, aparece Teodora. Después de aclarar que no es a ella a quien se refiere, desvanece para dejarlos con un clima terrible que crea turbulencia. Moribunda cae de la embarcación y alcanza a ser salvada por Leo mediante su inseparable balero. Desgraciadamente el valiente cae irremediablemente.
Es así como el grupo se separa. Mientras Leo aterriza en la embarcación de Kika. El resto termina en la Isla de las Muñecas.
Leo despierta en la casa de Kika. Ahí es procurado por la mamá de ésta y es ella la que le narra un poco acerca de la leyenda de la Llorona que azota al pueblo. Refiere de una humilde mujer con dos hijos que vivía de la venta de flores. Un día la casa incendia y, por intentar apagarla, deja a sus hijos en la chalupa y a la deriva. Ayudada por el pueblo, encuentran a los pequeños pero muertos. No aceptando eso, aísla y se deja morir. También le dice que el padre del lugar indagó al respecto, con el fin de detenerla. Sin embargo desapareció en circunstancias misteriosas y de él solo tiene unas notas, mismas que le entrega.
Don Andrés y el alebrije caen en la temida isla de las Muñecas. Eso hace que un ejército de muñecos los ataquen, pero consiguen vencerlos. Al lograrlo liberan a un hombre que había sido prisionero del títere líder, mismo que cobró vida gracias a las lágrimas de la llorona. Éste último acepta ayudarlos a encontrar al espectro.
Siguiendo las pistas dejadas por los apuntes, Leo deja la seguridad de la casa para ir tras la Llorona. Une a él sin consentimiento Kika, misma que ofrece ayudarlo. El niega e inclusive trata de regresarla más, el hecho de extraviar un guardapelo - donde hay una fotografía de su madre, acepta quede con él. Una mujer de blancas ropas y rostro tapado le muestra la joya y a continuación le habla. Como no entendiera lo que le dice, consulta a Kika, misma que traduce la pregunta de es si era eso lo que estaba buscando. Aceptando que si es, lo ataca la Llorona. La valiente pequeña alcanza a salvarlo y eso permite escapen juntos.
A primera instancia logran evadirla refugiándose en el techo de una casa. Ahí Leo le agradece y le pide siga a su lado. Cuando bajan, el ofrece cacharla. Segura deja caer y es arrebatada por el espectro.
Desesperado va tras ella mas la pierde. Entonces retorna a las notas que lo conducen a la iglesia, lugar donde el padre descubrió estaban sepultados los hijos de la Llorona. A mitad del trayecto se le une Teodora. No sabiendo como entrar, pues deduce que ahí está la Llorona, pide a Teodora la distraiga. Así la chica fresa consigue ser perseguida por el espectro.
Leo entra y encuentra la guarida de la Llorona. En ese lugar están todos los niños que habían sido robados por esta. Con el regreso de la dueña opta por ocultarse y descubre con asombro que ésta no los lastima y al contrario, los procura y además los encanta sometiéndolos a un profundo sueño. Escurriéndose logra rescatar a Kika y despertarla no sin alertar a la Llorona que, molesta busca al enemigo.
Para vencerla solo hay una forma: Yoltzin debe ver la tumba de sus hijos, La cual se encuentra en ua iglesia abandonada y en ruinas, perdida entre los Canales de Xochimilco
Los encuentra gracias a la caída de su dije. En ese instante ataca a Kika y Leo alcanza a reemplazarla antes de que le robe el alma. La Llorona eleva llevando consigo a Leo y lo deja caer después de haberle succionado la vida. Es salvado por sus amigos, mismos que no son rivales para la Llorona.
En un último esfuerzo Leo suplica lea los nombres en los sepulcros. Reconociéndolos, la Llorona entra en crisis dejando su fantasmagórico aspecto. ¡Al fin puede reunirse con ellos! Leo ve a su madre y se deleita con su voz.
En la parte final, el pueblo agradece a Leo y a sus camaradas haberlos liberado. El joven ansía regresar a Puebla cuando aparece el padre Godofredo mismo que le informa deben ir a Guanajuato porque Xóchitl había sido secuestrada por las momias.